La CGH array

Les puces d’hybridation génomique comparative (CGH array) ont été inventées en 1998 et connaissent un essor considérable depuis les années 2005. Elles permettent, la détection d’anomalies chromosomiques sur l’ensemble d'un génome via une analyse sur puce à haute résolution.

En plus d’être très résolutive, robuste et reproductible, la CGH array permet également de borner précisément les anomalies chromosomiques

Le principe de la CGH array repose sur une hybridation compétitive entre un ADN cible et un ADN de référence, tous deux marqués par un fluorochrome différent (communément la cyanine 3 et 5).

Les puces pan-génomique se présentent sous forme de lame de verre, sur lesquelles sont fixé plusieurs dizaines de milliers à plus d’un million de sondes. Ces fragments d’ADN de séquence et de position génomique connue couvrent l’ensemble du génome et sont représentatifs d’une seule séquence génomique chacun.

Ces sondes sont fixées selon deux procédés : (i) par un système de jet d’encre qui ajoute base après base ou (ii) par un système de photolitogravure.

La première étape consiste au marquage des ADN. Cela se fait par amorçage aléatoire (ou random priming).

Les ADN sont purifiés, afin d'éliminer l'excès de cyanines non incorporées, et mélangés de façon équimolaire selon le rendement d'incorporation respectif.

L'ADN marqué est ensuite hybridé sur chaque spot de la lame afin de s'hybrider aux sondes complémentaires. Enfin, la lame est déassemblé, laver et lue au scanner.